Właściwie prowadzony monitoring zdrowia zwierząt oraz program profilaktyczny obejmujący odpowiednie żywienie, przestrzeganie warunków dobrostanu, szczepienia, zabiegi higieniczne i procedury dezynfekcji oraz bioasekurację pozwalają na zredukowanie stosowania antybiotyków tylko do sytuacji wyjątkowych i ostatecznych. Prowadzi to do ograniczenia podawania ich w stadzie i w konsekwencji obniżenia presji powstawania opornych szczepów bakterii.
Odpowiedzialne stosowanie antybiotyków wymaga nie mniejszej wiedzy niż prawidłowe stosowanie szczepionek, a ograniczenie rozwoju oporności na antybiotyki wskutek rozważnego ich stosowania będzie możliwe jedynie wtedy, gdy wszystkie strony będą odpowiednio poinformowane o przyczynach oporności i możliwościach zapobiegania. Racjonalna antybiotykoterapia to skuteczność, bezpieczeństwo, możliwie niski koszt leczenia, wygodne stosowanie i jak najmniejsze szerzenie oporności. Dlatego podstawową zasadą jest właściwy dobór antybiotyku oraz optymalny czas stosowania, przy czym zalecane jest wykorzystanie leków zapewniających najkrótszy czas terapii. Należy zwracać uwagę na czas potrzebny do osiągnięcia terapeutycznej koncentracji antybiotyku w miejscu infekcji i monitorować efektywność działania leku.