Między korzeniami a glebą istnieją różne powiązania. Z jednej strony korzenie same stają się częścią gleby i oddają jej swoje obumarłe części, które z kolei służą mikroorganizmom glebowym jako pożywienie. Przerastają także glebę, tworząc w ten sposób struktury, umożliwiające ruch wody w glebie i wymianę gazową.
Z drugiej strony korzenie, a tym samym rośliny, korzystają z uwalniania azotu przez mikroorganizmy, z wiązania azotu przez bakterie brodawkowe, z rozwoju grzybów mikoryzowych, a nawet z biostymulatorów, jakimi mogą być niektóre mikroorganizmy. Sprzyja im potencjał antyfitopatogeniczny, który dzięki temu może wytworzyć się w glebie. Jednak tylko zdrowe korzenie mogą w pełni odżywiać rośliny. Proces ten mogą zakłócać m.in. patogeny, ale to nie jedyni przeciwnicy ograniczający rozwój korzeni.
Korzeń, jak fundamet
W przeciwieństwie do pędu rośliny, który wyrasta z ziemi w kierunku światła (fototropizm), korzenie pod wpływem grawitacji wrastają w glebę (geotropizm). Tam pełnią wiele funkcji istotnych dla rośliny:
- zakotwiczenie rośliny w podłożu,
- pobieranie wody i składników pokarmowych z gleby,
- pobieranie tlenu (O2) niezbędnego do oddychania korzeniowego i pozyskiwania energii,
- oddawanie dwutlenku węgla (CO2) z oddychania korzeniowego,
- oddawanie produktów przemiany materii (kwasy organiczne i cukier),
- oddawanie protonów (H+) i jonów wodorotlenkowych (OH–), które mają wpływ na środowisko w ryzosferze.
Korzeń może wykonywać także inne zadania, np. jako organ spichrzowy w przypadku buraków cukrowych lub jako korzeń czepny pnączy.
Korzenie zaopatrują nie tylko same siebie, ale także nadziemne części roślin w wodę i składniki pokarmowe. Energię do tego potrzebną pozyskują z oddychania korzeniowego, podczas którego pobierają O2, a do gleby oddają z powrotem dwutlenek węgla (CO2). Z połączenia wody glebowej z CO2 powstaje kwas węglowy, działający zakwaszająco na glebę.