Przechowalnia powinna zapewniać wysoką jakość składowanych ziemniaków przez kilka miesięcy. Odmiany przemysłowe czy jadalne mogą być w niej przechowywane nawet do czerwca/lipca. Tak długi okres wymaga pełnej sprawności magazynu, czyli wentylacji, czujników temperatury czy CO2, bez względu na to, czy ziemniaki przechowuje się na pryzmie, czy w skrzyniopaletach.

Po opróżnieniu przechowalni z ziemniaków warto zacząć od jej porządnego przewietrzenia. Dotyczy to także kanałów wentylacyjnych używanych przy składowaniu ziemniaków na pryzmie oraz skrzyniopalet. Następnie powinno się zdezynfekować te elementy, żeby nie pozostały na nich żadne patogeny. Najlepiej zrobić to w zamkniętej przechowlani, wtedy preparat lepiej dotrze do każdego elementu. Po dezynfekcji przechowalnię należy jeszcze raz przewietrzyć. Jeśli jakaś partia bulw magazynowana np. w skrzyniopaletach zaczęła gnić, to muszą być one jeszcze dodatkowo umyte. Najlepiej, żeby wysychały na zewnątrz. Mycia może wymagać też podłoga przechowalni pryzmowej w miejscu, gdzie składowane były bulwy przywiezione np. mokre z pola. To zawsze obszar, w którym mogą pojawić się patogeny powodujące psucie się bulw i wyciek na posadzkę.

Same skrzyniopalety wymagają też napraw, bo uszkadzają się podczas użytkowania. To czasochłonne, ale warto pamiętać, że dziś nowa kosztuje nawet ponad 1 tys. zł. Plantatorzy przechowujący ziemniaki w skrzyniopaletach rekomendują, żeby używać ich tylko do ziemniaków, a nie np. do innych warzyw, które często uprawiane są poza ziemniakami w gospodarstwach. Ma to dodatkowo polepszać sytuację fitosanitarną przechowywanych bulw.

Możliwość swobodnego krążenia powietrza w przechowalni jest najważniejsza podczas przechowywania. W przypadku skrzyniopalet warto zadbać o to, żeby były one tego samego typu, czyli żeby po bokach miały taką samą liczbę desek o tej samej szerokości. Dzięki temu przerwy pomiędzy nimi znajdują się na tej samej wysokości i powietrze może lepiej krążyć. W przypadku pryzmy najważniejsza jest jej wysokość: 4–5 m jest optymalne do dobrego wietrzenia bulw.

Po sezonie przechowalniczym przeglądu wymagają wszystkie elementy przechowalni, czyli klapy wentylacyjne, agregaty chłodnicze oraz cały sprzęt pracujący przy samych bulwach, czyli przenośniki, kosz przyjęciowy czy wózki widłowe, w których wymienia się olej i sprawdza stan opon, które mocno zużywają się podczas całego sezonu.

Podczas samego przechowywania bulwy tracą na wadze, bo cały czas oddychają. W każdej przechowalni są one nieco inne, ale najczęściej sięgają poziomu 5–6% masy bulw. Ubytek masy bulw można zmniejszyć przez ich nawilżanie, jednak nie powinno być ono zbyt intensywne, żeby nie prowokować rozwoju patogenów.

Zdecydowanie gorzej jest, kiedy przywiezie się z pola bulwy mokre, nadmiernie uwodnione, które rosły w wymokliskach. Sztuką jest więc zdecydowanie, ile metrów przed wymokliskiem można jeszcze zbierać ziemniaki, żeby nadawały się do przechowania i nie sprawiały problemów. Plantatorzy różnie do tego podchodzą. Niektórzy twierdzą, że dla bezpieczeństwa całego towaru najlepiej byłoby nie zbierać takich bulw nawet na parędziesiąt metrów przed zalaną częścią pola, choć oznacza to oczywiście konkretny tonaż, który nie trafi do handlu. Inni uważają, że wystarczy przerwać zbiór 4–5 metrów przed wymokliskiem.

Praktycznie każdy z plantatorów ziemniaka potwierdzi, że najczęściej zaczynają gnić bulwy zebrane z podmokłych części pola. Warto zatem składować je w konkretnym miejscu w przechowalni, gwarantującym ich szybkie usunięcie w przypadku, kiedy zaczną gnić. To czaso- i pracochłonne, ale usprawnia późniejszą pracę przy usuwaniu ogniska psujących się ziemniaków.

Co jednak zrobić z ziemniakami rosnącymi na zalanej części pola? W praktyce najczęściej taki fragment jest np. talerzowany, a bulwy pozostają na polu. Część przemarznie zimą, a część niestety powschodzi jako samosiewy. Wtedy trzeba mieć tak ułożony płodozmian, by udało się je zwalczyć w uprawie następczej, np. kukurydzy.

Bardzo ważna podczas przechowywania jest temperatura bulw. Przykładowo sadzeniaki wymagają 2–4°C, frytkowe 7°C, chipsowe 8°C. W niższych temperaturach skrobia przekształca się w cukry proste, które karmelizują się podczas smażenia frytek lub chipsów i stają się one brązowe. Oprócz czujników temperatury niektóre przechowalnie wyposażone są też w czujniki dwutlenku węgla. Jeśli jest go za dużo, ziemniaki również mogą zmieniać kolor podczas smażenia.